J’ai rencontré pas mal de problèmes avec les JSP est les cookies, ces derniers sont assez utile pour laisser quelques traces et configuration sur le client de l’internaute qui peuvent être utiles pour l’optimisation de la navigation sur un site ou pour la suivi des statistiques.
Lors de l’intégration dans un contexte JSP utilisant des includes, il y a pas mal de petites règles à respecter pour que cela fonctionne sans quoi il y a moyen de s’arracher les cheveux !

Ce qu’il faut avoir : les Cookies doivent être envoyé dans l’entête de la réponse. Lorsque les pages générées sont de taille importante, le seveur d’application peut envoyer la page par morceaux dès qu’il y a suffisemment de données pretes. Du coup, si l’ajout du cookie est fait après le premier flush, il ne sera pas pris en compte. Il est donc important que les Cookie soient placés suffisemment tot dans la page pour éviter le flush.
Dans un contexte d’utilisation avec des include de JSP, il faut savoir en plus que le tag jsp:include a tendance à déclencher des flush (ce qui me semble étange puisque le fulsh peut être passé en option et que par défaut il ne l’est pas). Du coup, si le cookie est enregistré par une sous JSP, il ne sera pas pris en compte par le navigateur ; arrivant trop tard. La solution dans ce cas est d’utiliser un tage @include à la place du jsp:include, mais attention son utilisation est très différente puisque dans ce cas il s’agit de l’import du source importé avant la compilaton de la JSP et non de l’appèle à une autre JSP. Ce qui peut poser des problème si la modification est faite à postérieuri.

Bref, ma solution dans ce cas, réunir dans un fichier d’entête toutes les opération intervenant sur les Cookies et intégrer cette page au travers d’un @include dans toutes les pages du site en entête. L’utilisation généralisée du @include etant à proscrire à mon avis.